バーチャルオフィスの場合も、突然税務調査が入ることがあります。税務調査をうけるためには事前に準備が必要で、会社が法人登録されていれば、本社所在地を登録している必要があります。個人事業主の場合は、バーチャルオフィスであることを申告する必要はなく、事務所登録を行う必要はありません。

本業の収入がある場合、バーチャルオフィスを利用したネットショップなどで得た副業の収入は、雑所得として扱います。会社員が副業などで副収入を得た場合、所得（収入-経費）が20万以上ある場合は原則として、税務申告が必要です。会社で年末調整をして、副収入が20万以下である場合や会社員で給与所得が2カ所以上ある人で、メインの会社以外と雑所得の合計が20万以下の場合は、申告する必要はありません。医療費控除を受けたり、住宅ローン控除の初年度の申告などの際は、税務申告が必要です。 税務調査が入る際、申告漏れや所得隠しと判断された場合は、追加徴税を支払うことになるため、バーチャルオフィスの場合も、税務調査を受ける前に税務申告を正しく行いましょう。

バーチャルオフィスにおいても税務調査は疑いがある際に行われます。謝礼などを受ければ、税務調査がバーチャルオフィスの取引先に入ることもあり、バーチャルオフィスの活動本拠地と納税地が遠隔地にあれば、税務調査対策でないかと疑念をもたれたりします。バーチャルオフィスの納税地は選択できますが、事業活動の本拠地とするほうが税務調査がスムーズです。

税務調査は納税地で行われますが、法人の場合の納税地は、本店又は主たる事務所の所在地となるため、基本的に本店の所在地が納税地になります。バーチャルオフィスの納税地は、自宅住所かバーチャルオフィスの住所を選択できます。経費上の判断ではなく、仕事をしている実態があるかどうかで選択すると、税務調査が入った際もスムーズです。税務調査は書類や帳簿などが必要になり、それらを持たないような実態のない場所を納税地にしてしまうと、問題になることがあります。納税地をバーチャルオフィスの所在地としたい場合、「事業所の所在地」としてバーチャルオフィスの所在地を登記していれば、その所在地を納税地として税務調査を受けることが可能です。