税務調査が入る場合、バーチャルオフィスによっては対応できないこともあるため、事前に確認が必要です。税務調査の通知を受けたら、税務調査の実施日と、バーチャルオフィスかレンタルオフィスの会議室の利用日を調整します。保管義務のある書類や伝票類を前日までに準備しておくとスムーズです。

バーチャルオフィスを利用して副収入を得た場合、雑所得（収入-経費）になります。経費とは、業務上の運営のために使用されるお金のことで、事業に関係なければ少額でも認められません。税務調査の事前調査では、3年間ほどの売上と経費の伸び率が比較されます。 バーチャルオフィスの場合も、税務調査により不正な経費がわかれば、ペナルティが発生します。 例えばネットショップの経費には、商品の仕入れ代金、保管するための倉庫料、サーバー代、販売手数料、文具類やパソコンなどの機材、広告費、自宅で行う場合の家賃や光熱費（生活の為の費用と事業の為の費用を分ける必要あり）、バーチャルオフィスの利用料などが含まれます。

バーチャルオフィスの税務調査は、基本的にバーチャルオフィスの事業実態を確認したいので、法人の場合は事業の活動拠点で行われます。税務調査を行う場所は、簡単な税務調査であれば、「資料を持っていくので税務署で」という要望も通ります。バーチャルオフィスの住所で調査官の対応ができ、資料を提示できれば、バーチャルオフィスで税務調査も可能です。

税務調査を受ける場所は法律上定めがないので、どこで税務調査を受けても良いということになりますが、税務調査は帳簿類をもとに行われるため、基本的には帳簿類の保管場所になります。実在する拠点に税務調査が入る際、顧客や取引先が来社された場合に対応できなくなってしまう可能性があるので実施場所については悩むところですが、バーチャルオフィスの場合そのような心配はいりません。 しかし、常駐していないバーチャルオフィスの場合、税務調査の実施日に合わせてバーチャルオフィス、もしくはレンタルオフィスの会議室の利用日を調整する必要があります。バーチャルオフィスに税務調査が入った際に、仕事の実態のある場所を納税地としておいたほうがスムーズです。